28 января 2009 года президент Украины Виктор Ющенко назначил Хорошковского первым заместителем председателя СБУ. 18 марта 2009 года Хорошковский назначен руководителем Антитеррористического центра при СБУ.
С 1 марта 2010 года в связи с отпуском на то время главы СБУ Валентина Наливайченко Хорошковский временно исполнял его обязанности.